圣恩寺最早建于唐天宝年间,名天寿寺,南宋宝祐年间又建圣恩寺,当时两寺并寸,为上下道院场,称天寿圣恩寺.明洪武年间圣恩寺得以扩建,次第修建了观音阁、法堂、大殿、塔院、钟楼等.一时僧众云集,名僧辈出.最盛时寺殿建筑共五千另四十八间.
玄墓山圣恩寺名扬海内,南来北往的僧侣、香客、游人不绝于道.至清康熙三次南巡,乾隆六次南巡,均到此处巡视观光.康熙二十八年(1689年)康熙第一次南巡,前往圣恩寺,御书"松风水月"四字,石碑现存于司徒庙内.
圣恩寺现尚存石坊、天王殿、大雄宝殿、伽蓝殿、祖师殿、斋堂等建筑以及明清碑刻,晋代古柏等.寺后山石嶙峋怪异,峥嵘迭出,被称为"真假山".